1916. április 26-án született Zürichben. Apja, Adalbert Bischof a gyógyszeriparban dolgozott, anyja Marie Bischof-Schmied, aki Werner 15 éves korában halt meg.
1932 és 1936 között Werner Bischof Zürichben a "Kunstgewerbeschule" növendéke, tanárai Hans Finsler, a svájci fotótörténet egyik legnevesebb alkotója és művészetpedagógusa (1891-1972), valamint Alfred Willimann grafikus. Már tanulmányai idején "Finsler-zseni"-ként emlegetik. 1936-ban műtermet nyit Zürichben, reklám- és divatfotográfiákat készít.
A második világháború idején katonai szolgálatot teljesít.
1942-től jelennek meg képei a Du című svájci kulturális és művészeti folyóiratban. 26 éves, amikor kiad egy 24 képből álló portfoliót, amely a műtermi korszakának az összefoglalója.
1945 őszén Németországban, Franciaországban és Hollandiában, 1946-47-ben Olaszországban és Görögországban fényképez. Olaszországban ismerkedik meg későbbi feleségével, Roselina Mandellal. 1947 nyarától 1948 januárjáig Magyarországon és Romániában tesz utazást, 1948-ban, a későbbiekben, Lengyelországban és Finnországban fotografál.
1949-ben, harminchárom évesen a Magnum csoport tagja lett. Baráti kapcsolatban volt Robert Capával (1913-1954). Feleségül vette Rosellina Mandellt.
1950-ben Nagy-Britanniában és Olaszországban fényképezett. Ebben az évben született meg Marco fia.
1951-52-ben fényképező útja Indiába, majd Japánba, Koreába, majd Indokínába vezeti.
1953 tavaszán visszatér Svájcba, Zürichben van kiállítása.
1954 elején az Amerikai Egyesült Államokban dolgozik, felesége elutazik hozzá New Yorkba, onnan mennek végig a keleti parton Mexico Citybe. Rosellina visszatér Svájcba, ő március-május folyamán Panamába, Chilébe, majd Peruba repül.
1954. május 16-án Werner Bischof harmincnyolc évesen autóbaleset áldozata lett Peruban, az Andokban. Május második felében születik meg második fia, Daniel.